子供のころより’危険な存在’である人間から隠れて暮らしてきたタートルズたち。'普通のティーンエイジャー'として彼らが住むニューヨークのみんなに愛され受け入れられたいーその願いを叶えるため、新たな友人エイプリルの助けを得つつ謎の犯罪組織との戦いに繰り出す。そんな彼らの前に現れたのはミュータント化した敵の大群だった・・・